Manajemen Boarding School merupakan salah satu upaya untuk membentuk serta mengembangkan potensi pendidikan melalui sistem asrama atau pengawasan secara penuh sehingga madrasah atau lembaga pendidikan tersebut tidak hanya unggul dalam prestasi akademik namun juga unggul budi luhurnya.Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan: (1) perencanaan pembelajaran, (2) pelaksanaan pembelajaran, (3) evaluasi pembelajaran boarding school di Madrasah Aliyah Negeri 2 Kudus. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan pendekatan kualitatif. Penelitian ini dilaksanakan di MAN 2 Kudus.Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah observasi, wawancara pihak yang terkaitdan dokumentasi. Teknik analisis data menggunakan langkah-langkah reduksi data (data reduction), sajian data (data display), dan penarikan kesimpulan (drawing conclusion).Hasil penelitian menunjukkan bahwa manajemen pembelajaran boarding schooldi MAN 2 Kudus diawali dengan perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi pembelajaran. Dalam perencanaan pembelajaran yaitu dengan cara merumuskan dan menetapkan tujuan pembelajaran boarding school yang hendak dicapai, menetapkan tiga pembelajaran utama (klinik prestasi,bahasa,dan keagamaan),dan menetapkan alokasi waktu jam pelajaran.Pelaksanaan pembelajaran dilaksanakan sebagai penguatan pembelajaran pagi di madrasah dengan menggunakan metode berbasis PAIKEM yang dilaksanakan indoor maupun outdoor. Pada bagian pengevaluasian pembelajaran dilakukan dengan menggunkan absensi, hafalan, setoran, dan keberagamaan.