Manajemen kesiswaan menempati posisi yang sangat penting karena sentral layanan pendidikan di sekolah adalah siswa. Manajemen kesiswaan bertujuan untuk mengatur berbagai kegiatan dalam bidang kesiswaan agar kegiatan pembelajaran di sekolah dapat berjalan lancar serta mencapai tujuan sekolah. Manajemen kesiswaan juga dapat mendorong serta mendukung siswa dalam meningkatkan prestasi. Penelitian ini bertujuan mendeskripsikan perencanaan, pelaksanaan, evaluasi, dan tindak lanjut serta faktor pendukung dan penghambat pembinaan kesiswaan dalam meningkatkan prestasi akademik dan non akademik di Madrasah Aliyah NU Mathalibul Huda Mlonggo Jepara. penelitian ini menggunakan penelitian kualitatif dengan pendekatan deskriptif. Lokasi penelitian ini di Madrasah Aliyah NU Mathalibul Huda Mlonggo Jepara. Hasil penelitian ini diperoleh bahwa manajemen pembinaan kesiswaan di MA NU Mathalibul Huda Mlonggo Jepara meliputi: a. Perencanaan kegiatan yang berkaitan dengan pembinaan kesiswaan baik dalam bidang akademik maupun non akademik dilakukan setiap awal tahun pembelajaran dengan cara musyawarah; b. Pengorganisasian untuk menentukan masing – masing stakeholder yang bertanggungjawab dalam membina dan mengkoordinasi kegiatan; c. pelaksanaan pembinaan kesiswaan sudah berjalan baik. Hal tersebut tidak lepas dari peran semua pihak yang saling bekerjasama. Pelaksanaannya juga didasarkan pada visi MA NU Mathalibul Huda Mlonggo, tujuan umum dan tujuan khusus yang akan dicapai; Evaluasi dilakukan secara sistematis dan berkesinambungan. Sedangkan faktor pendukungnya adanya kerjasama dan kekompakan antar pihak madrasah mulai dari perencanaan, pengelolaan, pelaksanaan dan evaluasi. Faktor utama penghambat pembinaan kesiswaan adalah masalah keuangan, kurangnya minat siswa, sarana dan prasarana yang kurang memadai serta kurangnya minat masyarakat pada madrasah dan kurangnya sarana penunjang.