Instrumen pengendalian di lembaga keuangan di Indonesia ini bermacam-macam salah satunya dengan menggunakan Sistem Pengendalian Intern (SPI). Tujuannya tidak lain untuk meminimalisir terjadinya risiko operasional baik dari simpanan maupun pembiayaan. Namun belum ada pengujian terkait dengan keefektivan SPI itu sendiri. Oleh karena itu perlu penelitian mengukur efektivitas penerapan SPI di lembaga khususnya di tingkat koperasi syariah. Penelitian ini bertujuan menganalisa dan mendeskripsikan efektivitas penerapan SPI dalam mencapai tujuan lembaga serta menganalisa ouput kualitas pembiayaan di KSPPS BMT MITRAMU Jepara. Jenis pendekatan yang digunakan adalah pendekatan kualitatif deskriptif dengan menggunakan metode pengumpulan data berupa wawancara, dokumentasi, observasi serta triangulasi sumber & teknik sebagai metode pengolahan datanya. Informan dalam penelitian ini adalah stake holder lembaga dengan menggunakan metode purposive sampling dan snowball sampling. Hasil penelitian ini diperoleh tingkat efektivitas penerapan SPI di KSPPS BMT MITRAMU yang mengacu pada teori mulyadi dan penarikan hasil dengan rumus Champion. Diperoleh tingkat keefektivan SPI cukup baik. Ini dibuktikan dengan sudah adanya komite audit serta pengawas yang mengawasi kinerja seluruh cabang. Sedangkan untuk ouput kualitas pembiayaan sendiri juga menunjukkan hasil yang positif yaitu menurunnya tingkat pembiayaan macet di lembaga ini tiga tahun terakhir. Sebagai koperasi yang bercita-cita meraih sertifikasi Islamic Microfinance Standart (IMS), selain menggunakan strategi pengauditan berdasarkan SOP dan SOM lembaga juga menggunakan pendekatan religiusitas. Upaya yang dilakukan dengan mensinergikan kegiatan pengawasan antara audit internal dengan DPS, tujuannya selain menegakkan visi dan misi juga tetap menjaga ruh syariah value yang ada di dalam lembaga.