Di Kabupaten Jepara ini, terdapat banyak penjual dan peternak/pembudidaya ikan. Dalam proses penangkaran ikan, biasanya pembudidaya ikan akan mengalami beberapa permasalahan, salah satunya adalah muncul penyakit pada ikan yang dibudidayakan oleh pembudidaya ikan. Pencegahan merupakah satu langkah yang sangat efektif untuk meminimalisir risiko penyakit pada ikan yg di ternakkan. Jika ikan sudah terkena penyakit, biaya yang dikeluarkan untuk budidaya ikan akan semakin banyak karena adanya tambahan biaya pengobatan ikan. Peternak ikan perlu mengetahui tentang penyakit-penyakit ikan serta bagaimana cara melakukan pengobatan bila ikan yang dibudidayakan terkena penyakit atau hama. Salah satu usaha yang bisa dilakukan oleh peternak ikan adalah dengan berkunjung pada ahli penyakit ikan (pakar) yang tidak mungkin dilakukan secara terus menerus dikarenakan membutuhkan waktu, energi serta biaya yang sangat banyak. Dari permasalahan tersebut, penulis akan membuat sistem pakar diagnosa penyakit ikan berbasis website menggunakan metode certainty factor. Dengan aplikasi ini, diharapkan bisa membantu para peternak ikan dalam menangani penyakit pada ikan yang dipelihara, tanpa harus berkunjung ke pakar. Dalam penelitian penulis, dilakukan pengujian akurasi berdasarkan 10 sampel diagnose, dan dihitung menggunakan k-fold cross validation, menghasilkan akurasi system sebesar 90%. Dimana system pakar yang telah dibuat oleh penulis dianggap layak.