Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan tetang implementasi manajemen berbasis madrasah dalam meningkatkan karakter peserta didik, faktor pendukung dan penghambat manajemen berbasis madrasah, serta sejauh mana keberhasilan manajemen berbasis madrasah dalam meningkatkan karakter peserta didik. Penelitian ini akan dilaksanakan di Madrasah Aliyah NU Miftahul Huda Pati pada semester genapa tahun pelajaran 2021/2022. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif. Jenis penelitian ini adalah penelitian lapangan, yang mana hasilnya nanti akan dijabarkan dalam bentuk kata-kata. Teknik pengumpulan data dalam penelitian ini adalah observasi, wawancara, dan dokumentasi. Uji keabsahan data yang digunakan adalah triangulasi. Kemudian analisis datanya menggunakan teknik analisis kualitatif dari Miles dan Huberman, yaitu reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan atau verifikasi. Pelaksanaan manajemen berbasis madrasah di MA NU Miftahul Huda Sugihrejo Gabus Pati sudah memiliki akuntabilitas dan sustainbilitas. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa; 1) Manajemen berbasis madrasah di terdiri dari 3 tahapan yaitu perencanaan, pelaksanaan, serta pengawasan dan evaluasi. Perencanaan semua komponen manajemen berbasis madrasah dilaksanakan di awal tahun ajaran melalui rapat yang dikoordinasikan oleh kepala madrasah. Pelaksanaan manajemen berbasis madrasah dilaksanakan sesuai dengan perencanaan yang telah disusun sebelumnya. Kemudian pengawasan dan evaluasi manajemen berbasis madrasah dilakukan oleh pengawas madrasah, komite madrasah, dan juga kepala madrasah. Karakter yang dikembangkan di MA NU Mifthaul Huda Pati adalah religius, jujur, toleransi, disiplin, mandiri, cinta tanah air, peduli sosial, dan tanggung jawab. 2) Program peningkatan karakter yang dilakukan adalah melalui pengadaan program-program keislaman seperti sholat dhuha, membaca asmaul husna, tahlil, mengitegrasikan pendidikan karakter ke dalam mata pelajaran PAI dan bahasa Jawa. Hasilnya menunjukkan bahwa peserta didik mempunyai karakter religius, jujur, toleransi, disiplin, mandiri, cinta tanah air, peduli sosial, dan tanggung jawab. 3) Faktor yang mendukung peningkatan karakter peserta didik adalah latar belakang peserta didik yang adalah santri dan juga banyaknya program-program keislaman yang diselenggarakan madrasah. Sedangkan, faktor penghambatnya adalah kurangnya kesepahaman tentang nilai karakter antara guru dan peserta didik.