Penelitian ini adalah kualitatif dengan jenis pendekatan deskriptif. Ada tiga teknik pengumpulan data yang dipergunakan dalam penelitian ini yaitu: observasi, wawancara (interview), dan dokumentasi. Penulis di sini berperan sebagai pengamat dalam observasi. Analisis data menggunakan empat langkah yaitu pengumpulan data, pengkajian data, reduksi data dan verifikasi/ kesimpulan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa 1) Manajemen kesiswaan dalam penguatan karakter peserta didik di MTs Mathalibul Huda Mlonggo dilakukan dalam semua kegiatan kesiswaan dari mulai penerimaan peserta didik sampai lulus yang dalam implementasinya dibagi menjadi empat tahap yaitu: perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan dan evaluasi. Dan dalam pelaksanaannya meliputi: a) Program Pembinaan Kesiswaan (OSIS), yang dikelompokkan menjadi program harian, program mingguan/bulanan, dan program tahunan. b) Program Pembinaan Ekstrakurikuler, meliputi: Pramuka, marching band, bola voli, sepak bola, PMR, badminton, karate, sepak takraw, catur, rebana, dan tilawah. c) Program Unggulan Akademik dan Non Akademik, meliputi: bahasa arab (muhadasah), bahasa inggris (speaking aktif), praktek ibadah, tahfidh al Qur’an, dan bimbingan olimpiade matematika. Dari program tersebut diharapkan karakter peserta didik meningkat khususnya karakter relegius, disiplin, jujur dan cinta tanah air, karena terencana, terlaksana dan terpantau dan kemudian dilakukan perbaikan. 2) Tingkat keberhasilan pendidikan karakter peserta didik MTs Mathalibul Huda Mlonggo melalui manajemen kesiswaan mengalami peningkatan, diantaranya adalah akhlak peserta didik lebih baik, tingkat kedisplinan lebih baik, sikap mengutamakan kepentingan bangsa dan negara dari pada kepentingan pribadi meningkat dan lebih patuh pada tatatertib.