Rumusan masalah dalam penelitian ini adalah 1) Bagaimanakah perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi pembinaan kesiswaan dalam peningkatan kedisiplinan belajar peserta didik pada MTs Matholi’ul Huda Bugel Kedung Jepara TP 2019/2020, 2) Apa faktor pendorong dan penghambat pembinaan kesiswaan dalam peningkatan kedisiplinan belajar peserta didik pada MTs Matholi’ul Huda Bugel Kedung Jepara TP 2019/2020, 3) Sejauh mana hasil peningkatan kedisipilinan peserta didik melalui manajemen pembinaan kesiswaan pada MTs Matholi’ul Huda Bugel Kedung Jepara TP 2019/2020.
Pendekatan penelitian ini adalah kualitatif dengan jenis pendekatan deskriptif. Ada tiga teknik pengumpulan data yang dipergunakan dalam penelitian ini yaitu: observasi, wawancara (interview), dan dokumentasi. Penulis disini berperan sebagai pengamat dalam observasi. Analisis data menggunakan empat langkah yaitu pengumpulan data, pengajian data, reduksi data dan verifikasi/kesimpulan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa 1) Perencanaan pembinaan kesiswaaan kedisiplinan siswa dilakukan dengan menyusun program kerja, jadwal kegiatan, merumuskan tujuan, serta menentukan pembinaan kedisiplinan pada awal semester dengan rapat bersama semua stakeholder madrasah, Pelaksanaan pembinaan kesiswaaan pada aspek kedisiplinan belajar siswa diantaranya adalah kedisiplinan waktu, kedisiplinan mematuri peraturan, kedisiplinan bersikap, kedisiplinan dalam beribadah, dan kedisiplinan berseragam dan kedisiplinan mengikuti jadwal pelajaran. Pembinaan kedisiplinan melalui hukuman, sistem point, bimbingan BK dan esktra wajib pramuka. Evaluasi kegiatan pembinaan kesiswaaan dilakukan tiga bulan sekali dengan melibatkan berbagai pihak di lembaga seperti: kepala sekolah, wakil kepala sekolah bagian kesiswaan, guru BK dan wali kelas. Hal yang dievaluasi kepada siswa dalam kegiatan pembinaan ini meliputi laju perkembangan kedisiplinan diantaranya adalah kedisiplinan waktu, kedisiplinan berseragam dan kedisiplinan mengikuti jadwal pelajaran. 2) Faktor penghambat pelaksanaan pembinaan kesiswaan pada aspek kedisiplinan belajar siswa diantaranya adalah jarak sekolah yang begitu jauh, kemudian banyak anak yang lebih berani dalam melanggar tata tertib dan adanya karakteristik siswa yang berbeda-beda. Sedangkan faktor pendukungnya guru yang professional yang membidangi masalah keesiswaan, guru yang kooperatif dan orang tua yang mendukung 3) Peningkatan kedisipilinan peserta didik melalui manajemen pembinaan kesiswaan pada MTs Matholi’ul Huda Bugel Kedung Jepara TP 2019/2020 mengalami peningkatan dalam hal kedisiplinan. Hal ini dibuktikan dengan semakin menurunnya peserta didik yang melanggar tata tertib madrasah.