Praktik perwakafan masih menuai lika-liku di Indonesia. Salah satu problem yang mengemuka adalah praktik sertifikasi tanah wakaf. Hal ini yang terjadi pada Yayasan Pondok Pesantren al-Atqa Surodadi Jepara yang berdiri diatas tanah wakaf dan belum memiliki sertifikat wakaf. Pertanyaanya, bagaimana problem pendaftaran tanah wakaf di Yayasan Pondok Pesantren Al-Atqa Surodadi Jepara dan bagaimana praktik pendaftaran tanah wakaf di Yayasan Pondok Pesantren al-Atqa Surodadi Jepara.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menemukan problem dan praktik pendaftaran tanah wakaf. Metode yang digunakan adalah penelitian kualitatif. Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah yuridis-sosiologis dengan pendekatan penelitian lapangan (field research). Sumber data berasal dari sumber primer dan sekunder dengan teknik pengumpulan data wawancara dan dokumentasi. Sedangkan dalam teknik analisis data menggunakan model interaktif analisis data.
Adapun hasil dari penelitian menyatakan bahwa: Pertama, terdapat beberapa problem dalam pendaftaran tanah wakaf, sehingga Yayasan Pondok Pesantren Al-Atqa belum memiliki sertifikat tanah wakaf. Diantaranya adalah: pemahaman nazhir, biaya administrasi, dan anggapan masyarakat terkait urgensi pendaftaran dan sertifikasi tanah wakaf yang tidak terlalu penting. Kedua,Praktik pendaftaran tanah wakaf di Yayasan Pondok Pesantren al-Atqa hanya terlaksana sampai di PPAIW. Seharusnya prosedur pendaftaran tanah wakaf hingga sampai ke BPN. Dari faktor inilah yang membuat Yayasan Pondok Pesantren al-Atqa tidak memiliki sertifikat.