Pakan yang diberikan dalam sistem budidaya udang hanya sekitar 22% terserap menjadi berat tubuh sedangkan 78% terbuang ke lingkungan tambak dan terakumulasi menjadi limbah. Akumulasi bahan organik ini menjadi faktor utama meningkatnya nilai amonia, terbentuknya H2S dan bakteri patogen yang menyebabkan kematian udang. Limbah orgnik yang terakumulasi di dasar sedimen merupakan permasalahan yang harus diselesaikan. Salah satu penyelesaian yang efektif adalah melalui aplikasi bakteri water probiotik. Berdasarkan komposisi pakan, protein memiliki kandungan tertinggi yaitu sebesar 25-35%. Oleh sebab itu, konsorsium water probiotik mengutamakan keberadaan bakteri proteolitik. Berdasarkan uraian tersebut maka penelitian ini melakukan pencarian bakteri proteolitik yang dapat digunakan sebagai kandidat konsorsium water probiotik.
Penelitian ini memiliki tujuan untuk isolasi, seleksi dan kajian kinetika pertumbuhan bakteri proteolitik dari sedimen ekosistem mangrove. Manfaat penelitian ini adalah menyediakan isolat bakteri proteolitik dan hasil penelitian diharapkan dapat digunakan sebagai refrensi dalam pengembangan ilmu budidaya. Penelitian dilakukan pada bulan Desember 2016 - Februari 2017 dengan menggunakan metode eksperimen laboratoris di Laboratorium Prodi Budidaya Perairan UNISNU. Penelitian terdiri dari 4 tahap yaitu : (1). Isolasi dan perhitungan TPC, (2). identifikasi morfologi koloni dan purifikasi, (3). uji aktivitas proteolitik dan (4). Kinetika pertumbuhan.
Hasil pengamatan data TPC memiliki nilai kelimpahan bakteri sebesar 42.000 cfu/ml. Berdasarkan data morfologi koloni dan purifikasi, didapatkan sebanyak 371 isolat. Data uji proteolitik kualitatif menunjukkan terdapat 93 % isolat tidak aktif, 7 % (3 isolat : P.-2.2, P.-2.7 dan P.-2.24) memiliki aktivitas proteolitik. Ketiga isolat memiliki ratio hidrolisis berbeda secara signifikan (p < 0,05) secara berurutan sebesar 1,29 a ; 1,94 c dan 1,56 b. Aktivitas proteolitik tertinggi pada isolat P.-2.7. memiliki puncak pertumbuhan pada jam ke 30 dengan nilai kepadatan 17,07 x 108 sel/ml, stasioner pada jam ke 30 – 36, dan mengalami kematian pada jam ke-42.
Berdasarkan hasil penelitian maka dapat disimpulkan bahwa isolat P.-2.7 memiliki potensi untuk dijadikan sebagai kandidat water probiotik.