Fokus penelitian ini adalah manajemen pembelajaran pondok pesantren dalam pembentukan akhlakul karimah santri di Pondok Pesantren Miftahun Najah Tahunan Jepara dengan rumusan masalah dijabarkan sebagai berikut: 1) perencanaan pembelajaran, 2) pengorganisasian, 3) pelaksanaan pembelajaran, 4) evaluasi pembelajaran, 5) faktor pendukung dan penghambat dalam pelaksanaan manajemen pembelajaran di Pondok Pesantren Miftahun Najah dalam pembentukan akhlakul karimah santri. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan menggunakan pendekatan kualitatif. Data dikumpulkan dengan teknik observasi, interview, dan dokumentasi. Data yang terkumpul tersebut kemudian diperiksa kebenaranya, kecocokanya, dan kehandalanya melalui trianggulasi kemudian dideskripsikan dan diinterpretasikan untuk ditarik kesimpulanya.
Hasil temuan penelitian ini yaitu:
1)Perencanaan manajemen pembelajaran dalam bentuk silabus dan rencana pelaksanaan pembelajaran yang penjabarannya melalui standar isi menjadi analisis mata pelajaran yang dilaksanakan oleh ustad/guru tertata dengan baik sehingga pencapaian tujuan pembelajaran dapat tercapai dengan baik.
2)Pengorganisasian, pondok pesantren membuat pembagian tugas ustadz dan pengurus serta jadwal kegiatan-kegiatan pendukung proses belajar mengajar dapat berjalan lancar. Penempatan ustadz/guru yang sesuai dengan latar belakang pendidikan dan kompetensinya.
3)Pada proses pelaksanaan, melaksanakan kegiatan pembelajaran dan muatan tambahannya dengan memberdayakan ustadz/guru, pengurus pesantren dan sarana yang ada dikelas sesuai dengan kebutuhan dan potensi yang ada.
4)Pada evaluasi manajemen pembelajaran pondok pesantren dilaksanakan untuk dapat mengetahui perkembangan pembelajaran siswa setiap harinya sehingga apabila ada siswa yang belum mencapai target pembelajaran dapat dilakukan tindakan khusus, terutama ranah afektif dan psikomotorik.
5)Faktor pendukung dari pembelajaran pondok pesantren adalah adanya dukungan dari orang tua, dan beberapa elemen pondok pesantren sedangkan faktor penghambatnya adalah waktu pembelajaran klasikal atau sistem madrasah yang dilaksanakan pada malam hari dengan waktu pembelajaran yang belum cukup memadahi.