Setiap lembaga pendidikan dituntut untuk memberikan pelayanan yang terbaik pada pelanggannya. Agar hal tersebut terlaksana dengan baik, lembaga pendidikan memerlukan dukungan sistem manajemen yang baik. Beberapa ciri sistem manajemen yang baik adalah adanya pola fikir yang teratur (administrative thinking), pelaksanaan kegiatan yang teratur (administrative behavor), dan penyikapan terhadap tugas-tugas kegiatan secara baik (administrative attitude).
Pondok pesantren muadalah memiliki sistem manajemen yang semuanya berpusat di Direktur Pesantren sebagai pemimpin tertinggi. Seorang direktur pondok pesantren muadalah adalah sesorang yang dianggap dan dipilih secara khos (Khusus), sehingga keberadaan seorang direktur juga berperan sebagai orang yang paling disegani dan dipatuhi.
Supervisi adalah usaha mensitimulasi, mengoordinasi, dan membimbing secara kontinu pertumbuhan guru-guru madrasah, baik secara individual maupun secara kolektif, agar lebih mengerti dan lebih efektif dalam mewujudkan seluruh fungsi pengajaran, sehingga mereka mampu dan lebih cakap berpartisipasi dalam masyarakat demokrasi modern. Jadi, supervisi merupakan proses penilaian atau prosedur memberi arah serta mengadakan penilaian secara kritis terhadap proses pengajaran.
Penelitian ini menggunakan penelitian kualitatif dengan pendekatan deskriptif. Data di lapangan diperoleh dengan wawancara kepada Pembantu Direktur , PD II Bidang Keguruan, Tim pengembangan SDM guru, dan pihak lain yang terkait, observasi dan dokumentasi. Analisis data yang akan digunakan adalah tiangulasi metode untuk memperoleh nilai keabsahan data.
Hasil penelitian menunjukkan supervisi akademik yang mulai intensif diberikan oleh Direktur Perguruan Islam Mathali’ul Falah Kajen Margoyoso Pati mampu meningkatkan pedagogik guru meskipun masih bertahap. Sehingga diharapkan akan mampu mempertahankan mutu pendidikan khas ke-muadalah-an.