Penelitian ini bertujuan untuk mendiskripsikan: 1.) Strategi pengelolaan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha dan Ulya Pondok Pesantren Al-Mustaqim Bugel Kedung Jepara, 2) Faktor penghambat dan pendukung strategi pengelolaan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha dan Ulya Pondok Pesantren Al-Mustaqim Bugel Kedung Jepara.
Di dalam penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif. Penelitian dilakukan di Pondok Pesantren Al-Mutaqim Bugel Kedung Jepara dan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha Dan Ulya. Pengumpulan data di lakukan dengan metode observasi, wawancara, dan dokumentasi. Data yamg diperoleh oleh peneliti kemudian dianalisis dengan menggunakan reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Peneliti juga mengumpulkan data sambal melakukan kefiatan analisis sampai dengan penarikan kesimpulan. Untuk menjamin suatu keabsahan suatu data.
Hasil yang diperoleh dalam penelitian ini adalah: 1) Strtegi pengelolaan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha Dan Ulya Pondok Pesantren Al-Mustaqim Bugel Kedung Jepara meliputi: pengelolaan kurikulum, standar pemberdayaan, pemeliharaan fasilitas, pengelolaan terpadu, dan pengelolaan Cooperative. Keduanya berkaitan karena satu atap, maka dari itu adanya strategi dalam membantu mengelola Pondok Pesantren dan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha dan Ulya sesuai dengan perencanaan yang telah di tetapkan oleh pengasuh dan pengurus dalam berbagi hal kegiatan. Diantara kegiatan Pondok Pesantren Al-Mustaqim Bugel Kedung Jepara mempunyai keterkaitan erat dengan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha Dan Ulya adalah: 1.) Ngaji, 2.) bandongan, 3.) Murajaah, 4.) Hafalan, 5.) Sorogan kitab, 6.)Musyawarah Kitab. Strategi pengelolaan Pondok Pesantren Al-Mustaqim Dan Madrasah Muhadhoroh Diniyyah Wustha dan Ulya yaitu bekerjasama. Adapun faktor penghambat dan faktor pendukung timbul dari Lembaga dimana keduanya berperan penting untuk menjadi pengembangan Lembaga.